超純水處理設備制備在設備生產操作過程中需先檢查整個設備有無異象，各連接管之間是否封閉，謹防滴漏，在檢查完設備之后打開原水(自來水)閥，開啟總電源開關，然后逐步開啟原水泵，高壓泵。開啟后停留在機器旁聽查一小段時間看設備運行有無異常，需觀察設備蜂房過濾器、活性炭過濾器、壓縮活性炭過濾器、保安過濾器進、反參透設備出口水的壓力，需保證每個過濾設備進出口水壓差在一定范圍內(<0.1MPa)，同時需要控制RO進水、中段、濃水的壓力在要求范圍內，控制RO（reverse osmosis，反滲透）產水流量、RO回流流量、RO濃水流量并使RO產水的電導率小于20uS/cm。
超純水處理設備需裝用超純水時開啟增壓泵，打開第一個出水閥，其中需控制好混床進出水壓力及精密過濾器壓力及混床出水的壓力在要求范圍內，以保證出水的電阻率大于10MΩ·cm。在此過程中需注意觀察純水槽中的存水情況，嚴禁抽空!同時為防止存水過多導致水質變差，影響混床樹脂壽命，存水箱中的水需控制在浮漂以下。
使用完畢后續關閉好總電源，關閉原水進水閥和超純水出水閥，防止自來水和空氣倒流回過濾設備內損壞設備。
超純水，是一般工藝很難達到的程度，采用預處理、反滲透技術、超純化處理以及后級處理四大步驟，多級過濾、高性能離子交換單元、超濾過濾器、紫外燈、除TOC（Total Organic Carbon，總有機碳）裝置等多種處理方法，電阻率方可達18.2MΩ*cm(25℃)。
