當純凈水處理設備系統長時間連續運行時，水中的鈣和鎂離子會不斷沉淀并粘附在反滲透膜的表面，形成水垢并阻塞膜孔，這會影響反滲透的出水效率系統并損壞反滲透膜。由于反滲透膜相對昂貴，因此在系統運行中，應添加一段計量系統，并且應在水中添加反滲透水垢控制劑，以延遲鈣和鎂離子的沉淀以及對水的污染。
純凈水處理設備加阻垢劑的作用：
①絡和增溶作用:反滲透阻垢劑溶于水后發生電離，生成帶負電性的分子鏈，它與Ca2+形成可溶于水的絡合物或螯合物，從而使無機鹽溶解度增加，起到阻垢作用。
②晶格畸變作用：由反滲透阻垢劑分子中的部分官能團在無機鹽晶核或微晶上，占據了一定位置，阻礙和破壞了無機鹽晶體的正常生長，減慢了晶體的增長速率，從而減少了鹽垢的形成。
③靜電斥力作用：反滲透阻垢劑溶于水后吸附在無機鹽的微晶上，使微粒間斥力增加，阻礙它們的聚結，使它們處于良好的分散狀態，從而防止或減少垢物的形成。
④反滲透阻垢劑功能種類和應用反滲透阻垢劑是用于反滲透和納濾系統性能改善的。
⑤阻垢劑和分散劑是一系列用于阻止結晶礦物鹽的沉淀和結垢形成的化學藥劑。
純凈水處理設備結垢的原因：
原水在經過反滲透膜時，難溶性的鹽類會停留在膜名義，成固體積淀析出。在純凈水處理設備運行的過程中，其低壓沖洗過程中產生的壓力會產生淡水，而兩側的的水的濃度會自然加深，加深的同時就會導致鹽的濃度加深，鹽中含有大量的可積淀的物質，時間長就會浮現結垢氣象。因此，只有難溶性的鹽類不超過飽跟的界限就可能有效防止結垢氣象的發生。其中，在設計的方面，為了可能更好的把濃水置更換出來，可能盡量保障濃水含鹽量低。
而在自然的水源中存有的主要難溶性鹽類主要有：碳酸鈣、硫酸鋇、硫酸鈣、氟化鈣、硫酸鍶跟二氧化硅等。在反滲透系統設計的時候，需要特別留心的是硫酸鋇跟硫酸鍶。硫酸鈣濃度的增加以及水溫的降落，也會導致硫酸鍶的溶解度下降。
此外，一些自然水體中含量不高的無機物會因為人為因素，例如加藥等，被帶入給水中，例如：磷酸根、鐵跟鋁等這些無機鹽往往溶度積很低，易發生結垢，因此當系統投加藥劑(如絮凝劑、助凝劑、阻垢劑、酸跟堿等)時，考慮到這些人為引入的離子成分的影響。
有時甚至會浮現投加的不同藥劑發生彼此作用導致難溶物質析出，進而沾染膜元件的情況。如果碰到這種情況時，在投加多種藥劑時，應該留心這些藥劑的成分，有條件的可能通過試驗確認它們的兼容性。為了更好的保護純凈水處理設備，延長純凈水處理設備的利用壽命，可預先對原水進行預處理，經活性炭或者石英砂過濾可濾去大顆粒雜質，再經過離子交換樹脂軟化，去除水中的鈣鎂等離子，就可避免結垢氣象。
